संहिता एवं सिद्धांत विभाग आयुर्वेद आयु (जीवन) का विज्ञान है। विज्ञान कोई भी हो, वह सिद्धांतो पर ही आधारित होता है। आयुर्वेद अनादि और शाश्वत है। इसके अनादित्व और शाश्वतिकत्व का आधार सैद्धान्तिक पृष्ठभूमि है। इसके व सृष्टि के आदि सिद्धांतो का समान होना भी इसी का द्योतक है। श्रैष्ठ सिद्धांत वह होता है, जो अपवाद रहित सर्वथा निर्दुष्ट हो। आयुर्वेद के सिद्धांत, जो अतिप्राचीन हैं, अधुनातन दोषरहित सिद्ध हुए हैं। आयुर्वेद के ज्ञानपिपासु के लिये इसके सिद्धांतो का ज्ञान परमावश्यक है। इसमें विविध मूलभूत सिद्धांत वर्णित है, यथा - कारणकार्यवाद, त्रिगुण सिद्धांत, पंचमहाभूत, त्रिदोष, षट् पदार्थ, लोक-पुरुष साम्य, स्वभावोपरमवाद, षड्रस, वीर्य विपाकादि सिद्धांत। उपरोक्त एवं अन्य महत्वपूर्ण सिद्धांतो के अवबोधनान्तर ही शारीर ज्ञान रोग निदान, द्रव्यादि का ज्ञान एवं चिकित्सा की सम्यक्रुपेण सिद्धि होती है। इसी को दृष्टिगत रखते हुए नवप्रवेशित आयुर्वेद के विद्यार्थियों से ही इनका ज्ञान प्रारम्भ से ही कर दिया जाता है। महाविद्यालय के मुख्य भवन में मौलिक सिद्धांत विभाग का स्वतंत्र प्रदर्शनालय स्थापित है, जिसमें विभिन्न विषयों से सम्बन्धित ज्ञानार्थ हेतु लकड़ी व अन्य सामग्री के डिस्प्ले बोर्ड तैयार किये गये हैं। नितिशास्त्र एवं नैतिक आचरण के साथ संहिता ग्रंथो मेंं वर्णित आचार्यों के चित्र तथा उल्लेखित शपथ संबंधी डिस्प्ले बोर्ड भी तैयार किये गये हैं। सांख्यकीय सिद्धांतो का विवेचनात्मक अध्ययन स्नातकोत्तर अध्यापन का मुख्य विषय है। इस हेतु विशेषज्ञो के व्याख्यान भी आयोजित किये जाते हैं। आचार्यों ने इन्हीं सिद्धांतों पर आयुर्वेद के ज्ञान को लिपिबद्ध किया, जो तंत्र या संहितारुप में उभयलोक हितकर अमृततुल्य है। वृहत्त्रयी में प्रमुख चरक संहिता का अध्यापन आयुर्वेद के अध्येताओं को कराया जाता है। इसके अतिरिक्त सुश्रुत संहिता, अष्टांग हृदय, अष्टांग संग्रह, शार्डंगधर संहिता, काश्यप संहिता आदि के महत्वपूर्ण विषयों का भी अवबोध कराया जाता है। संहिताऐं मूल रुप में संस्कृत भाषा में होने के कारण छात्रों को संस्कृत भाषा का ज्ञान भी इसी विभाग द्वारा कराया जाता है। चरक जंयती समारोह, क्विज प्रतियोगिता, वाद-विवाद प्रतियोगिता आदि का समय पर सम्यक् निर्वहन करते हुये, आयुर्वेद के विभिन्न विषयों पर विचार मंथन या संगोष्ठी का आयोजन भी इस विभाग के अन्तर्गत किया जाता है।